【天空之城】是一座懸空城市，由早已絕跡地球的神秘族類所創建。傳說那裡藏著大量寶藏及財富，因而引來以『杜娜』為首海盜誓死爭奪：同時政府軍麥瑞勤亦命追查城中是否存在著統治地球我神秘力量兩幫人同時追蹤懷有一顆《飛行石》的女孩『希達Shita』，力求揭開【天空之城】之謎。正當『希達Shita』置身危急時刻，突然為少年『柏斯Pazu』所救，兩人一見如故，共同經歷了一段驚險旅程...

在礦山工作的少年柏斯，最大的夢想是找到過世的父親親眼看到的天空之城──拉普達。

有一晚，他救了一位從天空飄降的少女。這個名為希達的女孩是在海盜的追趕下從飛行船掉下來的。

海盜看中她身上所佩戴的飛行石，並追她追到了礦山鎮。

為了躲避海盜的追趕，柏斯帶著希達跳上礦山火車。

不久，前方突然出現了軍隊的裝甲戰車。軍隊的目標也是希達的飛行石。

無路可逃的柏斯和希達因而掉進了深遽的礦山谷底。

此時，希達所佩戴的飛行石竟發揮了力量救了兩人,原來飛行石乃天空之城──Laputa王位繼承人的證物。

持有這塊飛行石的少女─希達，雖然一度在柏斯的幫助下，逃過這些人的魔掌，但最後還是被抓到軍隊的基地去。

 

在基地中遭軟禁的希達，無意間喃喃唸出祖母教她的咒語時，

一個被保管在基地的沒有可能開動機器兵忽然開始復甦。為了保護希達，機器兵大發威力；

另一方面，柏斯則獲得了海盜朵拉一家的協助，前往基地救希達。

雖然柏斯成功地救出希達，但是在一片混亂中，飛行石卻落入政府特務——麥瑞勤手中。

留在海盜飛行船上工作的柏斯和希達，在一次守備時，終於在雲層裡面發現了Laputa。

然而，軍隊的飛行船也追蹤到了附近。在軍隊的攻擊下，海盜船遭破壞。

柏斯和希達被迫乘著滑翔翼逃脫而出，並降落在拉普達上。在那裡，他們看到了一個機器人士兵和動物們過著和平又安詳的生活樂園。

忽然轟隆一響，原來軍隊已登陸Laputa並進行破壞、掠奪。柏斯和希達為了保護拉普達，努力奪回飛行石。過程中希達意外得知麥瑞勤也是王族的後裔。

麥瑞勤運用飛行石的力量，命令機器兵將軍隊徹底毀滅，還意圖稱霸全世界。

希達搶得飛行石後，和柏斯一起用了毀滅天空之城的咒語使Laputa解體，人類才免於一場浩劫